此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。从被吞噬中逃生的天空之树被竖立起来了。人们在奇怪的景象前假装——还有一些东西从黑点内部靠近。在无法到达的绝望中,人们从被称为“敌人x的数不胜数”的黑点来到宙斯。