与清兵卫青梅竹马的朋江（宫泽里惠）同丈夫离婚回到娘家后，常到清兵卫家代他照顾母亲和女儿，招来不少蜚言蜚语。清兵卫显露高超剑技击退了无理纠缠的朋江的前夫，然而当朋江的哥哥建议他迎娶朋江时，他却因不想让朋江吃苦婉拒了好意，致使朋江自此绝迹于他家。藩主得知清兵卫的才能后，强命他前去处决一名力敌数人据守不出的反叛武士。临行前，清兵卫向朋江表白了隐藏心底已久的爱意，不想对方已经答应另一门亲事，清兵卫黯然踏上生死未卜之途。
小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
