在RC1014中，连接地球和宇宙的轨道梯子首都塔被竖立起来，将光子电池作为地球能量的来源从宇宙带到人类手中，使其被视为圣地。在他的第一次飞行中，他的监护人组织首都卫队候补学生贝莉·詹南遭到了不明身份的G-SELF女士的袭击。Belly与MS进行了维护检查，并成功捕获了它。然而，Belly对G-SELF的司机产生了一定的感情，G-SELF是一个名叫アイーレイハントン. 除非满足特定条件，否则G-SELF不会启动，它已经与Belly产生了一定的反应。宇宙海盗和海盗的目的，被G-SELF选中的贝利的命运，以及震惊所有RC的真相——这些只是《伪装》的开始。
刚刚升上高中一年级的浅草·格林是一名动漫爱好者，他强调“设定就是生活”。尽管素描本中描绘了各种创意，但由于独自行动时无法下定决心的性格，动画制作被推迟了。
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
