在米娜就读的第一年Q班上，有很多来自米娜的朋友——过于活泼、经常暴力的森洋子（本田雅子配音）、经常陷入对同性关系幻想的艺术女孩长野原（森美穗配音），以及沉默安静、内有黑舌的外表，三个好学生的水麻衣服（由藤美穗配音）。就这样，经常线下的日常生活和激烈吐槽在三个人之间展开了。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
東京郊外にある街。 その街の小高い丘の上に、小さな公園があった。 そこでいつも一緒に遊んでいた小さい頃からの仲良し６人組。 しかし４年生の時に、それぞれが転校する事になってしまった。
