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2013年，一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时，神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前，继承了“伟大的灵魂”，并利用这一权力与“E基因持有者”作战。

在世界的角落里，有着这样一种生物：它们下等且奇怪，不同于任何动植物，有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。