U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
长大后偶然重逢的青梅竹马相马悠依（井上真央 饰）和鸟野直木（佐藤健 饰），再次确信对方是自己命中注定的对象，但就在他们下定决心要向对方求婚的时候，直木却被卷入一桩不可思议的事件中，消失了踪影。直木不知道自己死了，变成灵魂在现世徘徊。
在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。
