小杰的父亲是一名顶尖的猎人，但他在很小的时候就离开了他。几年后，凭借与生俱来的智慧和善良，他也决定成为一名猎人，并用它来寻找他从未见过的父亲。
濑能家的两兄弟——10岁的淳平（横山幸汰 配音）和7岁的宽太（谷合纯矢 配音）见证着时代的巨大变革。最初的残酷过去，苏联人的家属来到岛上，不经意间种下了和平友爱的种子。通过音乐，苏日两国儿童成为可以唱歌玩耍的朋友，濑能兄弟则依靠玩具蒸汽火车和住在她家隔壁的女孩塔尼娅变得亲密无间，但好不容易得到的友情却因某起事件而破碎。 在时代、民族、国家和政治的洪流中，孩子们的人生留下了最初却永远不会褪去的伤痕……
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
