2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……
一支先遣队奉命出发，寻找适合居住的星球。所有星舰成员都是以生物 3D 打印的方式一一制造，没想到过程中机器意外故障，导致其中一位成员路易变成畸形。随着路易接连攻击同僚妮娜、麦克、帕蒂和奥斯卡，星舰也陷入黑暗骇人的境地，任务结束的倒数计时正式开始。
