これまでにもアニメ化や実写映画化されてきた、しげの秀一による人気コミック「頭文字D」を新たに3部作でアニメーション映画化した「新劇場版」シリーズの第2部。
有一天，福子的同事彦子在一次事故中去世了。然而，有传言称燕姿的死并非意外。她的未婚夫Shingo（浅野忠男饰）有着神秘的过去，很可能是一名连环杀手。这些非日常的事情让福子感到内心不安。不久后，一位名叫辛高的司机来到了福子所在的公交公司。回忆起之前的传闻，付子对新高充满了恐惧，但也充满了好奇。
在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
