《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
当生命比死亡更需要勇气时，十二名青少年来到一家废弃的医院，举行了本应是12-0的投票。投票通过后，他们可以集体自杀，但他们发现房间里多了一具尸体，必须找到罪魁祸首和试图破坏合同的入侵者。
它描绘了一个患有女性恐惧症的高中生薛成，有一天突然飞到一个充满女性而没有男性的世界。。。由他、那里的魔法女孩梅青和童增组成的三人组，童增也是童年的玩伴和同学，现在为“协议”引起了骚动
