故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开，这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里，主人公“一山编织者”虽然是男性，但却能够操纵is。因此，他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
卡尔迪娅（早见沙织 配音）表面看来只是一个平凡的少女，但实际上全身上下都有着能将一切被触碰到的物体腐蚀的剧毒，这样的她终日生活在孤独之中，还遭到了军方的逮捕。
外表冷酷但内心充满正义感的自由职业者荒川秀也（山村秀也配音），小田洋香（铃木秀吉配音），热情但有魅力的多田洋香，狡猾的新宿新宿新屋（由Kazukawa Kazuka配音），以及同样对新宿充满爱的Toyoshi Kazuka（由Kijima Rina配音）。故事围绕着这些穿着SCM的城市男女展开，他们被欲望控制和驱动。
