之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
在平安市，人类、果子狸和狗站在三脚架前，一起转动着城市的巨大车轮。下矢矢三郎（由樱井晓宏配音）是果子狸界著名成员矢家的第三个儿子。虽然它是一只果子狸，但它可以随意变身为人形。他的导师是田谷人Akyu先生。
这群义士中有一年轻人名唤民谷伊右卫门（佐藤浩市 饰），他和朋友们过起浪人的生活，终日靠弹奏琵琶为生。某日，伊右卫门邂逅美丽的汤女阿岩（高岗早纪 饰），二人最终成为内缘夫妻。艰苦的日子走到尽头，大石召集忠勇义士们准备起事，伊右卫门与阿岩难分难舍，最终决定退出行动。 某晚，伊右卫门独自外出，重逢曾被自己救过的女孩阿梅（荻野目庆子 饰），并随之来到家中成亲。殊不知心爱的阿岩即将遭到奸人暗害……
