在遥远的东海水域，曾经有一个叫乌南的海盗，他自称“金贼”。他从不欺负人民，只与其他邪恶的海盗作战，并因此积累了占世界总量三分之一的堆积如山的黄金。他的财富可以像白天一样在夜晚闪闪发光。吴楠把这些金子藏在一个未知的岛屿上，然后消失了。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
