在一次偶然的情况下，大雄（小原乃梨子 配音）与多啦A梦（大山羡代 配音）穿过秘密通道时空圈，闯进一个森林中古代文明的国度——玛雅王国，他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥（绪方惠美 配音），迪奥是玛雅王国的王子。
战争结束后，这些破坏性武器的下落成为需要解决的首要问题，所有人都同意将其委托给监护人保管。丹恒（平川大辅配音）和丹飞（中原麻衣配音）这对兄弟姐妹作为护印人，承担了保管最强武器“天谴剑”的责任，但也给他们两人造成了致命的灾难。最终，天行剑还是落入了米天健（关志毅配音）的手中。为了取回魔剑，丹飞踏上了一段旅程，在旅途中他遇到了两个人，林雪雅（鸟广司配音）和尚不言（水洼顺义配音）。
宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
