最近，大熊经常被奇怪的梦困扰，然后他房间中央的榻榻米下一直有噪音。有一天，榻榻米被撞开了，一只兔子一样的生物从里面跑了出来。它叫查米，是外星男孩罗布姆的宠物。
世纪王·黑日必须和世纪王·影月进行赌上性命的战斗，胜者就可以成为新一任的世纪王。但是被改造成为黑日的光太郎在秋月总一郎的帮助下，成功在脑改造手术前逃脱出来。此后光太郎成为假面骑士Black，为了保护日本，救出信彦而与戈鲁戈姆对抗。但是信彦却在被救出之前就变成世纪王·影月，于是光太郎不得不与他唯一的亲友信彦进行宿命的战斗。
在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。
