将船只驶向目的地本应是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船的突然开火、与其他失控的学生船的战斗、遇险船的救援活动等等，他们历尽千辛万苦，克服了这些困难，最终安全返回陆地，在成员之间形成了牢固的纽带。在经历了一个月的动荡之后，正在享受考试假期的清风班成员遇到了新的危机——清风班将面临解体。在清风成员受到极大震动的同时，他们再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。之后，在清风危机爆发三个月后，横须贺举行了一场“比赛赛”，包括吴、五和和和佐世保在内的海洋学校的所有女学生聚集在一起举办文化和体育节。Ming Nai和清风班的其他成员也聚集在一起，为欢迎仪式做准备。来自大和号、信浓号、济一号等超大型船舶的班级也齐聚一堂，正当各种表演和比赛如火如荼地进行时，一场新的“危机”正在向他们逼近！
烨岛直美（山口百惠 饰）是外交官的女儿，在一次意外中被流氓缠上，所幸得到了一个名为次郎（三浦友和 饰）的男人的帮助才得以脱险，最终次郎失手杀死了流氓，自己也身受重伤。
与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意…… 本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间
