半年前，一系列的遭遇彻底改变了小学三年级学生高木直也（田村由里配音）的生活。作为一个神奇的女孩，她遇到了她可爱的小朋友Yuno Screaya（水木和树饰演），并通过与Fiat Testrosa（水木直也配音）深深锁住的秘密和麻烦的一系列激烈战斗，成为了一个难忘的朋友。新学期开始时，巴菲特以小学生的身份转到奈耶的班上，一切似乎都进入了稳定期。在一个没有任何警告的夜晚，Naiya和Fitte遭到了三名非法移民的袭击，其中包括持有黑暗之书的Vita（Mae Maeda配音），他们的法宝也被摧毁。新的危机，新的对手，一切都在朝着不可预测的方向发展
李·霍洛威（玛吉·吉伦哈尔饰演）生活在一个不和谐的家庭中，从小就从事“自我毁灭”的行为。在精神病中心接受了一段时间的治疗并回家后，她需要重新融入正常生活。因此，她学习了打字，并在一家律师事务所找到了一份打字员的工作。
来自环境省的天海（小立勋装饰）和经济产业省的常盘玉一（松山贤一装饰）的灵感也被选中。有一天，Tanzo Tosuke（川川明饰演）的一篇报道在网上发布，他为关东沉没敲响了警钟。由于这篇报道，一些团体发起了示威，天海与田所会面以平息局势。然而，田所对天海的话充耳不闻，并预言伊豆海中的一座岛屿将很快沉没。带着一丝不安，天海和常盘一起潜水，在那里遇到了一场毁灭性的事件
