故事发生在神圣时代的300年,主要讲述了初中二年级学生Yonaga Jicheng的故事。她每天在学校过着稳定的生活,上课,参加俱乐部活动,和很多朋友一起玩。镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。