但曾担任联合舰队上尉的哈洛克（Kokuri Seon配音）背叛了盖亚的制裁措施，并驾驶他的阿尔卡迪亚，升起了反政府军的旗帜，成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola（森川清治配音）指示他的弟弟Yama（三浦春马配音）潜入阿尔卡迪亚号，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员接近地球，而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国，久违的真相，震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
前作から半年後を舞台に据えた完結編では、仕事に邁進して恋愛から遠ざかっていたゆうに再び恋の兆しが見え出す。なお今回は原作にはない完全オリジナルのラブストーリーとなっている。
故事从第一部开始，讲述了五个年轻人的故事，他们分别是宫子龙太郎（松本龙太郎饰演）、吉田春彦（小野健男饰演）、高本恩达（宫城和也饰演）、矢川忠雄（樱井忠雄饰演）和冈野信（森康树饰演），他们在大学毕业后各自走上了自己的人生道路。
