个性阳光开朗的八神陆（木村良平 配音）、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊（冈本信彦 配音）、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积（小野贤章 配音）、体格健壮英俊帅气的支仓希斯（小野大辅 配音）、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步（下野紘 配音），和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们，面对层出不穷的对手，他们会释放出怎样的激情呢？
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。
