故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
友谊班课外教学旅行的钱被偷了，偷钱的人是他的一个好朋友，五人一组。那个人因为欠了2000万元债务，想让他的好朋友一起帮他还清债务，就把旅行钱作为注册朋友游戏的注册费偷走了。尽管五个人不确定是谁干的，但基于友谊，他们决定一起承担责任，参加比赛。
小桥若叶（小泽雅丽配音）是一位出生时就拥有金汤匙的富有小姐，从出生那一刻起就过着奢华的贵族生活。这样，她本可以进入贵族学校水莲女子学院，与许多像她一样的富裕学生一起学习和生活，但由于成绩不佳，她被一所普通女子高中录取。
