工藤新一是中国著名的高中侦探。不幸的是，他在追捕一个黑衣犯罪团伙时被团伙成员发现。在被打晕后，他得到了一种神奇的药水，工藤新一又变成了一个孩子！新一找到了经常帮助他的阿里医生，医生为他量身定制了许多间谍武器。
这个世界里除了巨塔Artonelico和一些浮游大陆以外几乎什么都没有。整个Soul Shell就是一个完全封闭的空间，没有天空也没有海洋。在Soul Shell中存在着两大对立的势力，“艾尔米雷米尔教会”以及“天霸”。艾尔米雷米尔教会崇拜的是诗神，他们的目标是创造理想的国度，而天霸则掌握有极高的科学技术，他们目的则是建立科学化文明社会。 在Soul Shell中还有一个贯穿整个游戏剧情的种族，这个种族名为“雷瓦提尔”，这个种族拥有将思念转化为诗篇的强大力量……
