ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。
有一天，他唆使同伴三木阿克曼（三原希子饰演）和阿明·阿诺德（本田聪饰演）试图突破围墙，但他们目睹了一个超级巨人打破围墙，无数巨人疯狂涌入的恐怖场景。瞬间，这座和平祥和的城市变成了巨人的狩猎场，艾伦等人目睹了令人难忘的血腥场面。两年后，艾伦和阿明加入了调查团，准备和他们的同志一起出发，修复外墙，开垦被占领的土地。这注定是一次非常危险的旅程。。。这部电影改编自简山创在《杂志》上发表的同名漫画。
