司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
与此同时，美丽的女孩西方圣女贞德（由里里洋子配音）被人们视为被恶魔附身的人，因为她能听到世界末日的声音。有一天，她遇到了天才发明家莱昂纳多·达·芬奇（由杉田纪和配音）。达芬奇偷偷赶走了武士，并带着圣女贞德和最新开发的盔甲大岛前往东星。信长意外地激活了大岛，这是西方星人无法控制的，他成为了传说中的救世主国王。他给圣女贞德取名为兰丸，这个女人成为了愚蠢的信长生命中最重要的存在。在战国时代的动荡时期，东方之星和西方之星之间的混乱即将开始
1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
