在一个阳光明媚的日子里，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和加奈配音）以及少年侦探队的朋友们在毛利小五郎（也由小山立配音）的陪同下前往大阪，参加当地举行的“高中生高岳杯”百人一和声比赛。
故事发生在中世纪的日本，秋花（细谷和夫配音）是一个坚强、头脑简单的人，出生于一个武术家庭，肩负着继承“虚拟剑流”的责任。从小到大，严启华被培养成一把刀，这种不正常的教育方式使他走上了家庭杀戮的悲剧道路。
来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。
