その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
本作は1960年代前半の東京を舞台に、まだ何者でもない“少年ルパン”が高度経済成長期の日本を駆け巡るオリジナルストーリー。アニメーションでルパンの少年期が描かれるのは今回が初めてだ。
面对新的曲折感，场景之间的故事围绕着在“神圣毁灭者”和瓦特拉之间的战斗中获胜的古城和雪菜展开。尽管这座古城已经将女神岛视为自己的“夜帝国”，并成为了一个重要的岛屿统治者，但它的日常生活与以前保持不变。
