谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
从小，母亲就对我有很多“期望”。她让我读经典文学，敦促我成为一名语文老师，并禁止我与她不喜欢的同学交朋友。她的期望总是让我莫名其妙地头疼。如果我没有达到她的期望，我会下意识地向她道歉，她会把这看作是我的妥协和她的胜利。
日本福岛地震摧毁了AV女演员浅野夏美（Hatano饰）生活中的一切。同时，她还了解到，与她合作过多部作品的男演员因艾滋病自杀，这意味着她一直暴露在恐怖病毒的入侵下。
