在他的葬礼当晚，一名神秘女子拜访了因病去世的大学教授平川诚司（小田贤二饰）的妻子，但没有人。之后，广川大学的校长也突然去世，新校长的选举引发了一系列的怀疑和矛盾。奇怪的事情变得越来越普遍，甚至在周围的垃圾堆里发现了尸体。
然而，医生仍然无法接受失去孩子的痛苦，也无法正确治疗阿童木，因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者，也被各地的军队通缉，最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量，并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻，天马医生突然醒来，协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截，阿童木奋起反抗，最终，一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中，阿童木逐渐长大，他也接受了自己将机械与人类结合的设计，肩负起了全人类生存的责任。
