半年前，一系列的遭遇彻底改变了小学三年级学生高木直也（田村由里配音）的生活。作为一个神奇的女孩，她遇到了她可爱的小朋友Yuno Screaya（水木和树饰演），并通过与Fiat Testrosa（水木直也配音）深深锁住的秘密和麻烦的一系列激烈战斗，成为了一个难忘的朋友。新学期开始时，巴菲特以小学生的身份转到奈耶的班上，一切似乎都进入了稳定期。在一个没有任何警告的夜晚，Naiya和Fitte遭到了三名非法移民的袭击，其中包括持有黑暗之书的Vita（Mae Maeda配音），他们的法宝也被摧毁。新的危机，新的对手，一切都在朝着不可预测的方向发展
由于受到老师和母亲的严厉斥责，大熊决定实施他的第n次逃跑计划。与此同时，胖虎、小福和静香也因各种原因离家出走。年轻的朋友们聚在一起，但拥挤拥挤的现代城市没有他们的立足之地。在多啦a梦的帮助下，他们乘坐时光机来到了7万年前的日本。
