半年前,一系列的遭遇彻底改变了小学三年级学生高木直也(田村由里配音)的生活。作为一个神奇的女孩,她遇到了她可爱的小朋友Yuno Screaya(水木和树饰演),并通过与Fiat Testrosa(水木直也配音)深深锁住的秘密和麻烦的一系列激烈战斗,成为了一个难忘的朋友。新学期开始时,巴菲特以小学生的身份转到奈耶的班上,一切似乎都进入了稳定期。在一个没有任何警告的夜晚,Naiya和Fitte遭到了三名非法移民的袭击,其中包括持有黑暗之书的Vita(Mae Maeda配音),他们的法宝也被摧毁。新的危机,新的对手,一切都在朝着不可预测的方向发展
在繁华城市的夜晚,古董从拥挤的电车里冒出来。血腥屠杀后,古董们带着信乃(桥本爱配音)逃走了,但被后面冷漠残忍的换衣服女孩小叶(水木奈奈配音)斩首。随后,两名年轻女孩和另一群人被“塔”追捕。
某一日,一个名为莉柯丝(石见舞菜香 配音)的少女被一位名叫查克罗(花江夏树 配音)的少年发现在了废墟之中,当男孩遇见女孩,命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃(岛崎信长 配音)、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼(梅原裕一郎 配音)、天真可爱不谙世事的萨米(金元寿子 配音),在岛上,每一段相遇都会交织出一段新的乐章。