苏州商人杜老爷到异乡营商郄遇上劫匪, 财物被抢, 沦落他乡, 正值有一怪人相救, 赠予一个箱子给他, 并告之今世永远不能打开, 怪人助杜衣锦还乡, 并要杜日后还他一件宝贝, 作为报答. 十八年后, 杜
高羽秋仁（柿原彻也 配音）是一名记者，心怀高远理想的他带着心爱的相机每日走街串巷，寻找着可以拍摄的新闻题材。麻见隆一（黒田崇矢 配音）身份成谜，拥有强大手腕的他经营着数家高级俱乐部，并且和黑道有着说不清道不明的关系。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
