从美大毕业的社会新鲜人“石本美希”，为了逃离美术和相处多年的石膏像，决定以毫不相关的行业为就职对象，因此来到位於东京上野的艺能事务所“HOLBEIN”中工作。
但此时此刻引起佐藤注意的是三年前松田诚平在爆炸中死亡时出现的死亡幻觉，这次出现在高木上。与此同时，连续爆炸的犯人越狱了！这是巧合吗？这名囚犯也是公安警察Yasuhiro命运的敌人，因为他杀死了他的同学Matsuda。就在他准备追上罪犯时，一个神秘的变装人物突然出现，并在安史身上安装了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹的武装，柯南赶到安西潜伏的地下避难所。柯南从Ashikaga那里得知了另一起事件——三年前，Ashikaga和一名警察学院的同学（现已死亡）在涩谷遇到了一名名叫“Pramia”的不明伪装炸弹袭击者。然而，此时，在搜索过程中，危险已经开始笼罩柯南和其他人
在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。
