大陆历一六零四年，在菲尔毕斯特大陆实际已经延续了三世纪的战国时代以北方霸主贾兹帝国的崩坏迎来了终结。投入的兵力包括正规的骑士及士兵，魔法师及乱破师，佣兵团在内实际六十二万，还包括航天要塞三座在内的大量魔法兵器，弃兽兵团，天龙骑兵队等特殊战力也毫无保留的被派出，彻底地将被称为“万恶的根源”的这个贾兹帝国歼灭。
玄野计（浪川大辅 配音）和加藤胜（大里雅史 配音）是小学时代的好友，在一日的偶遇之后，两人为救一只铁轨上的流浪汉而同时命丧黄泉。然而等待着他们的并非虚无，当玄野计睁开眼时，映入他眼帘的居然是一间闻所未闻的高级公寓，他的周围聚集着和他一样迷惘的，互不相识的“死者”们。“你 们的生命已经完结，如何使用你们新的生命，是我的自由”，一个位于房间中央，名叫“GANTZ”的黑色圆球传达了这样的指示。 为了活命，他们被迫的参与了各种各样的与外星怪物之间的残酷战斗，每场战斗结束之后，“死者”们会根据在战斗中的表现而得到相应的分数，利用这些分数，“死者”们可以选择实现愿望或是换取强力武器参加下一场战斗，而分数为0的人们，他们面临的，则是可怕的惩罚。“GANTZ”到底是什么？是谁控制着这场血腥的游戏？真的能够复活吗？想要解开这种种疑问，玄野计只有一种选择，那就是战斗到底。
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
