小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天，宝可梦波尔克尼安从天而降，被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起，所以他非常讨厌人类，但这条神奇的链条让他们形影不离，精彩的故事从这里开始。
荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
