不知道多久前，世界各地出现了专门猎杀人类的巨人，可怕的天敌的出现最终导致了人类文明的衰落和逆转。为了防止巨人无休止的狩猎，人类建造了三堵高墙来保护自己，仿佛一百年过去了。年轻的艾伦（三浦春马饰演）厌倦了被监禁。
这起事件给了良太沉重的打击与创伤，因此他才希望代替黑猫仰望星空，找到传说中的外星人。这一天，美丽女孩黑羽宁子（种田梨沙 配音）转到良太的班级，他惊讶地发现，黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩，她不会九九乘法，却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太，并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太，宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太，还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。
